Kurikulum Unggulan
Kurikulum Pesantren meliputi tiga hal, yaitu Penguasaan Kajian Keislaman, Pembinaan keasramaan, dan pembinaan Kebahasaan dan Sains.
Penguasaan Kajian Islam
Program Kegiatan
Semua program yang dilaksanakan di SMA SAINS ALQURAN dalam bidang pembinaan Kajian Keislaman diarahkan pada upaya memunculkan kesadaran, partisipasi, dan tanggungjawab pribadi peserta didik sebagai calon pemimpin masa depan. Adapun program-program Penguasaan Kajian Keislaman yang secara khusus dikembangkan di SMA SAINS ALQURAN adalah sebagai berikut:
Tahfizhul Quran
Tahfizhul Quran merupakan program Unggulan di SMA SAINS ALQURAN. Kegiatan ini dilaksanakan 5 kali dalam satu pekan, bakda shalat Subuh, yang dibimbing oleh Ustadz/ah Tahfidz, dengan target sasaran yang sudah ditentukan, sesuai jenjang pendidikan para siswa masing-masing. Diharapkan Siswa mampu menghafal minimal 12 juz. Program ini ditargetkan dalam waktu 3 tahun dengan target hafalan minimal 4 juz setiap tahun.
Tajwid dan Tahsinul Quran
Ditujukan agar peserta didik "khatam Al-Quran bi an-nazhar" minimal satu kali dalam satu tahun. Dilaksanakan dua kali pada setiap harinya, setelah Subuh dan Maghrib. Kegiatan ini juga untuk membimbing peserta didik yang belum lancar dalam membaca Al-Quran.
Tarjamah dan Tafsir Al-Quran (Tajwid dan Tahsinul Quran)
Program ini merupakan upaya untuk mewujudkan generasi bangsa yang memiliki kualitas pemahaman, penghayatan dan pengamalan ajaran agama ( Al-quran ) dalam kehidupan bermasyarakat, berbangsa dan bernegara sesuai dengan Visi SMA Sains Alquran.
Metode yang digunakan menggunakan tafsir tematik, yaitu menghimpun ayat-ayat yang terkait dengan sebuah tema sains ( ayat kauniyah ) dan menganalisanya secara komprehensif dengan pendekatan ilmiah sehingga dapat ditemukan pandangan Al-Quran yang utuh menyangkut persoalan tersebut. Sehingga diharapkan siswa mampu menguasai persoalan kebahasaan Alquran dan hal-hal lain yang terkait dengan penafsiran dan mampu menguasai persoalan persoalan saintifik seperti fisika, biologi, kimia, geologi, astronomi dan lainya.
Kajian Keislaman Pesantren (Qira'tul Kutub)
Kajian Kitab Kuning (Qira'tul Kutub) merupakan program unggulan di SMA SAINS ALQURAN. Kajian kitab kuning dilaksanakan secara Sorogan (privat) dan Bandongan (kolektif). Diharapkan melalui program ini setiap siswa mampu mengkaji kitab kuning (turats), baik dari segi gramatikal bahasa maupun pemahaman kontekstual.
Pembinaan Keasramaan
Program Pembinaan Imam Sholat
Ditujukan agar para siswa mempunyai bekal yang cukup untuk menjadi imam kelak di masyarakat. Setelah terjadwal siswa menjadi imam, mereka diberi kesempatan untuk menjadi imam pada shalat fardhu.
Program Pembinaan Dzikir dan Doa
Program ini meliputi pembiasaan wirid dan dzikir setelah shalat dan siswa mengetahui, menghafal, serta mengamalkan doa doa harian. Kegiatan ini dilaksanakan setelah shalat fardhu berjamaah.
Program Pembinaan Tausyiah
Untuk memberikan kecakapan menyampaikan gagasan atau ide, siswa dibimbing untuk mengisi kultum setelah jamaah Maghrib pada jadwal - jadwal yang telah ditentukan. Mereka dilatih dan dibimbing terlebih dahuli oleh para pembina. Setiap siswa mendapat kesempatan satu kali untuk tampil di mimbar.
Program Taushiah
Adalah kegiatan yang diberikan kepada peserta didik untuk memberi landasan yang kokoh pada aspek sejarah kebudayaan Islamdan Aqidah. Kegiatan ini dilaksanakn di Asrama, yang diberikan oleh Pembina atau guru yang bertugas. Terjadwal minimal diadakan satu kali dalam satu pekan.
Program Simaan Alquran
Kegiatan ini dilaksanakan satu kali dalam satu pekan, secara bersama-sama peserta didik dan pendidik melangsungkan Simaan Alquran sebagai wujud semangat melestarikan kecintaan pada al-Quran. Dalam kegiatan ini, siswa yang telah melaksanakan program tahfidz secara bergilir akan disimak hafalan dan bacaanya.
Program Pembinaan Santri Pengurus Asrama (RUSANTA/I)
Dalam rangka menyiapkan generasi yang memiliki jiwa kepimimpinan serta kepedulian yang tinggi, maka siswa dilibatkan aktif dalam upaya mengelola lingkungan dan kehidupan asrama agar nyama dan sesuai dengan atmosfir pendidikan.